从理论上讲，保函的目的是为了防止卖方不按合同规定交货而买方损失预付款，当卖方履行了交货义务后，保函的作用也就完成了。所以绝大部分保函的有效期从开立日始到装船日但不超过合同迟装船期，原则上说是对的。
保函实际失效时间先于卖方履行交货义务的后期限。对失效地点在中国的保函，当保函失效时，由于时差关系，对于美国卖方而言，还有十几小时才到迟装船期。
预付款保函的种类
保函种类主要有以下五种：
种是预付款保函、有称还款担保是指向受益人保证，如申请人没有按时预付款，则银行负责返还担保函规定的金额。预付担保的金额不超过承包人收到工程预付金额。
第二种是投标保函、是向受益人作出保证，在申请人报价的有效时间内，投标人不可车标、改标、更改原报价条件，应遵守其诺言，并且一旦中标后，要在规定的时间内和招标人签订合同，如果招标人违约，银行将子啊担保额度的范围内向招标人支付金额，投标人报价总额的1%-5%不等。
第三种是履约保函、是指应劳务方和申请人的要求，向工程的受益人所作出的一种保证承诺。
第四种是质量保函、是指申请人的请求，向受益人保证，在工程质量不符合合同规定，申请人又不能维修时，由农业银行按担保函规定金额赔付工程业主。该款项通常为合同价款的5%-10%。
第五种是临时进口设备再出口保函、按国际工程承包惯例，凡承包商为施工而临时进口的机械设备可免关税，但完工以后，用于施工临时进口设备必须如数再运出工程所在国。
预付款保函扣除
当申请人未能向受益人履行合约，则银行将代替申请人向受益人支付预付款，同时，申请人在银行购买的此项服务终止，预付款保函失效。
预付款保函是合同乙方保证自己收入的一种手段，这种保障手段多出现在工程中，为了保障合同双方平等，若有条件，甲方都应该先申请办理预付款保函，目的是为了在项目结束时，如果自己没有能力完成和合同约定的条款，将由银行出面，将甲方事先支付的预付款付给乙方，保证乙方的权益不受损失。当银行履行完此项业务时，预付款保函扣除。
从预付款保函和履约保函的定义中可以得出，不管是预付款保函还是履约款保函二者的终目的是一样的，都是为了程度的保护业主的权益。预付款保函和履约保函的区别主要在于担保的期限时间长短不同，前者较长而后者一般较短，现实中有的可能指存在其中的一个，这是大家视具体情况作出选择，学会灵活的运用。