清理化粪池基本操作流程：
1.用铁钩打开化粪池盖板，用捞篮等工具捞出漂浮物和沉积物。
2.将捞出的沉淀物放入活粪肥袋中，用环卫车运走。
3.用活水泵冲洗化粪池和地面，直到干净。盖上井盖，防止行人掉入井内。
清理化粪池应当制定作业许可程序、作业规程、措施和应急预案，明确作业负责人、作业人员和外部监护人的职责;2、检查清理化粪池工作场所时，可能产生二氧化碳、硫化氢等有毒气体的场所，须悬挂防中毒警示标志。
清理化粪池作业现场应告知工人危险因素，作业现场应有检测有害气体浓度和含氧量的手段。作业人员应配备符合实际需要的便携式报警器、氧气呼吸器或长管呼吸器，以及救援带、救援索等防护装备。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
设计清掏周期过长，则化粪池容积过大，增加造价。《建筑给水排水设计规范》（GBJ15-88）（以下简称《规范》）要求清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。
