如今，在日常生活中经常看到化粪池如果化粪池长时间不清洗，会造成粪渣板结，污物无法无害化处理。此外，如果污水井高度封闭，沼气溢出甚至可能引起沼气爆炸。
化粪池内有大量沼气，有毒。但池中沼气通常会从盖子的缝隙中逸出，随风飘散，下雨时，雨水流入化粪池，导致水位上升，迫使更多的沼气和其他废气排出，空气中弥漫着臭味。所以要定期清理化粪池。
化粪池一般有三个井盖，每个井盖上都有两个小洞，清理化粪池得把每个井盖上的小洞打开后在隔半个小时或者一个小时。再用铁钩把井盖打开，打开后在用消防水往每个井口里冲洗半个小时左右。这样能使化粪池里的沼气减少很多。
运输过程中产生二次污染。吸粪车的滴洒泄漏使臭气蔓延。如果粪渣无出路，会发生清掏者随意倾倒，粪渣的较终处置引起再次污染。
大部分化粪池很难做到定期清掏, 有的甚至十几年从不清掏, 等到粪便溢漏才清理。因此, 造成大部分化粪池沦为“过流池”, 粪便几乎不经任何处理就排入下水道。
经过化粪池的酸性发酵后，其出水呈酸性，酸性污水对城市下水道有腐蚀作用。
厌氧过程产生恶臭气体，造成周围空气质量恶化，尤其在清掏过程中，恶臭气体可影响数百米远。而且容易滋生蚊蝇等，对健康和环境造成极大威胁。
