GMP制药车间净化工程的设计方案应该考虑以下几个方面：
1. 空气质量控制：保证车间的空气质量符合GMP标准，减少或避免可能的交叉感染。
2. 温湿度控制：通过控制车间的温度和湿度，维持合适的生产环境，使药品生产线在恰当的条件下进行。
3. 噪音控制：通过选择合适的净化设备和布置，降低噪音和震动，保证生产员工的工作环境舒适。
4. 行业标准：工程设计应符合国家和行业标准，如《药品生产质量管理规范》(GMP)、国家标准GB 50073等。
建筑布局和装修方案：是洁净实验室-生物实验室运行的基础。由于微生物病菌的危险性，必须防止危险性微生物向外界扩散，地阻断危险性微生物与外部环境的接触途径，同时避免微生物受外界污染，影响实验结果的准确性，必须采取合理的实验室布局和装修方案。实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。
空气调节系统：是洁净实验室-生物实验室运行的关键。由于洁净实验室-生物实验室内操作对象是危险性的微生物，对人体、动植物或环境具有危害，必须通过采用合理的空气调节系统，保持洁净实验室-生物实验室的相对负压环境无论何时都不被破坏，以保证实验室内危险性微生物不能向外部环境中扩散。空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。
模块化：为洁净实验室-生物实验室用户设计方案时，采用工业化、标准化的运作理念，将多年的净化工程项目进行归纳整理，就是将复杂的洁净实验室-生物实验室项目进行模块化，便于恰当的根据用户的不同情况和特点以及需求，进行了更优化的组合。在提供的方案中采用因地制宜的做法，把建筑装修、配电、空调、消防全都做成标准化的方案，制定具有针对性的方案设计。