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食品经营许可证的办理可以按照以下步骤进行：
准备相关材料：包括食品经营许可申请书、营业执照或者其他主体资格证明文件复印件、与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件、食品自查、从业人员健康管理、进货查验记录、食品事故处置等保证食品的规章制度。如果利用自动售货设备从事食品销售，还需要提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点等信息。如果是代理人办理，还需提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
提交申请：可以通过食品药品监督管理局网进行网上申报，或者直接到窗口提交申请。
等待审核：网上提交成功后，相关部门会在5个工作日内对资料进行审核。如果材料不齐全或不符合要求，会通知补正材料；如果不属于本部门职权范围或申请事项不需行政许可的，会告知不予受理的理由；符合申请要求的，会发出电子《受理通知书》。
配合审查与现场核查：在审查过程中，如有需配合环节，申请人应积极配合。同时，材料受理之后，监管部门可能会进行现场核查，申请人也需要配合进行现场核查。
领证：在审核通过后，就可以领取食品经营许可证。