分阶段认证审核阶段
阶段审核：审核组先开展文件评审，核查体系文件是否贴合 GJB9001C 标准，尤其关注军工条款的落地情况；再进行初步现场走访，了解企业基本运营状况，确认是否具备开展第二阶段审核的条件，同时可能与军方用户座谈了解产品相关情况。
第二阶段审核：通常在阶段问题整改完成后 4 个月内开展，属于的现场审核。审核组会深入生产车间、保密室等场所，核查涉密管理、关键工序控制、产品追溯性等情况，抽查各类记录凭证，并验证双归零报告等文件的真实性，确认体系运行的有效性。若审核发现问题，会开具一般或严重不符合项通知。
整改与发证阶段
限期整改问题：企业需在 30 天内针对不符合项分析根源，制定纠正措施并落实，同时提交整改证据，比如修订后的文件、第三方检测报告等，确保问题整改到位且形成闭环管理。
审批并颁发证书：审核组验证整改有效后，认证机构完成内部报批流程，向企业颁发认证证书。证书有效期为 3 年，且会录入国家认证注册名录，可在国家认监委官网查询。
质量管理体系相关文件
核心体系文件：包含质量手册（明确质量方针、组织架构、职责权限等）、程序文件（至少涵盖设计开发、采购控制等 25 项标准要求的程序文件），以及作业指导书、工艺规程等实操性文件。
体系运行记录：内部审核报告及对应的整改闭环记录；管理评审报告及后续改进措施文件；质量目标达成情况统计表，以此证明体系试运行满 3 个月且运行有效。
特殊场景附加材料
涉密相关材料：涉密企业需准备保密资格证书、保密管理制度及培训记录、涉密载体管理台账，若涉及多个军方用户还需提供密级建议书。
专项领域材料：软件企业需补充双软认定、软件测试证书、配置管理记录等；涉及特种作业的，需提供特种作业人员操作证及员工岗位能力清单、培训考核记录；同时可准备不合格品处理单、客户投诉处理报告等，佐证质量管控能力。