主体资质合规
需是在中华人民共和国境内登记注册的独立法人，能独立承担民事责任，法人为中国大陆国籍，且企业无外商（含港澳台）控股或直接投资，以此保障军事信息与供应链。
申请的认证范围必须在营业执照的经营范围内，同时企业成立时间需满 1 年以上，规模通常要求大于 20 人，并需提供相关证明材料。
提交申请阶段
选定合规认证机构：需挑选经国家认监委批准、具备军工体系认证资质的机构，部分机构还支持国军标与装备承制资格联合审查，可缩短办理周期。
备齐材料并提交：准备《武器装备质量管理体系认证申请书》、营业执照、内审及管理评审报告、军品订单或军方推荐意见书等材料，涉密企业还需补充保密资质证明和保密设施检测报告，所有文件加盖公章后提交至认证机构。
签订认证合同：认证机构审核材料无误、确认符合受理条件后，双方签订合同，明确审核范围、时间、费用等关键事项。
分阶段认证审核阶段
阶段审核：审核组先开展文件评审，核查体系文件是否贴合 GJB9001C 标准，尤其关注军工条款的落地情况；再进行初步现场走访，了解企业基本运营状况，确认是否具备开展第二阶段审核的条件，同时可能与军方用户座谈了解产品相关情况。
第二阶段审核：通常在阶段问题整改完成后 4 个月内开展，属于的现场审核。审核组会深入生产车间、保密室等场所，核查涉密管理、关键工序控制、产品追溯性等情况，抽查各类记录凭证，并验证双归零报告等文件的真实性，确认体系运行的有效性。若审核发现问题，会开具一般或严重不符合项通知。
现场审核阶段（2 - 4 周）：阶段为文件评审 + 初步现场核查，大概 1 周就能完成，主要确认企业是否具备审核条件；第二阶段是全流程现场审核，需核查生产、涉密管理等多方面情况，一般 3 - 5 天，加上审核组整理报告的时间，整体 2 - 4 周可完成。不过若阶段发现重大问题，整改后再推进第二阶段，间隔最多可能达 4 个月，会拉长该阶段耗时。